1.胚胎染色体异常
这是孕早期流产的最常见的原因。受精卵形成时，出现了次品，染色体的数目发生了异常，这样的胚胎注定不能发育，所以在孕早期、早早孕停止发育，发生生化妊娠或者胎停育。胎停育流产后，将胚胎组织送去做染色体检查可以确定流产与染色体的关系。也有助于判断后续是否需要其它尤其是免疫方面的检查。

2.子宫异常

比如子宫内膜息肉、子宫黏膜下肌瘤、子宫腺肌症、子宫畸形等等都会引起胎停育、流产。

3.感染

细菌、病毒等病原的感染损伤了胚胎的健康，也会导致胎停育流产。

4.内分泌失调

比如多囊卵巢综合征、子宫内膜异位症、甲状腺功能失调等也会影响胚胎的发育。

5.宫颈机能不全
宫颈机能不全的流产表现为宫颈无痛性的扩张，在胚胎娩出前依然胎心正常，不算是我们常说的胎停育，但实质上也引起了流产。宫颈机能不全是孕中期流产的原因之一。

6.自身免疫性的疾病

是复发性胎停育的主要原因之一。如果找不到器质性的原因，排除染色体的异常，应该寻找免疫的原因。比如抗心磷脂抗体综合征、红斑狼疮、桥本氏甲状腺炎、类风湿等都影响怀孕，其中抗心磷脂抗体综合征与胎停育关系最为密切。

7.不明原因的胎停育

不明原因并非原因不明，只是现在的医学手段上不能查出原因，有一些是自身免疫性的疾病。